同位置に重なってポリゴンがある場合、Cheetah3D の 3D ビュー上では汚く見えるので、ビューのタイトルバーで "表示" -> "裏面を描画しない" を設定しておくのがいいでしょうね。

追記：UV をセットするコードがまちがっていたので、修正 :-!

// ツールスクリプト : ~/Library/Application Support/Cheetah3D/scripts/Tool フォルダにコピー
// 選択したポリゴンを同位置に複製し、法線を反転するスクリプトのサンプル  
// ツールのプロパティを設定、ツールスクリプトの場合、必須関数
function buildUI( tool ) {
    // プロパティビューにパラメータを追加、
    tool.addParameterInt('poly sel', 0, 0, 15, false, false);
    // プロパティビューに実行ボタンを追加、クリックで duplicateFace 関数を実行
    tool.addParameterButton('duplicate', 'apply', 'duplicateFace');
}
// ボタンをクリックした時に呼び出される関数。パラメータのボタンから呼び出された関数の場合、引数はこのツールオブジェクト自身
function duplicateFace( tool ) {
    // ドキュメントから選択されたオブジェクトを取得
    var obj = tool.document().selectedObject();
    // ローポリゴンオブジェクトでない場合、終了
    // この type 関数で取得できる変数は、ヘルプファイル Constants の項を参照
    if (obj.type() != POLYGONOBJ ) return false;
    // 現在の選択セットを保持しておく（そのまま設定に使用するとエラーが出るため int 型に変換）
    var polyNum_bk = parseInt( obj.getParameter('activePolySelection') );
    // ポリゴン操作用のコアオブジェクト (PolyCore) を取得
    // モディファイア・ボーン適用後のメッシュ情報が欲しい場合は、modCore 関数を使う
    // 今回直接ポリゴンを複製するので、core 関数を使用
    var core = obj.core(); //
    var i, j;
    // 捜査用にポリゴン数を取得
    var polyCount = core.polygonCount();
    for (i = 0;i < polyCount;i++) {
        if ( core.polygonSelection(i) ) { // ポリゴンが選択されている場合、ポリゴンを複製
            // ポリゴンのサイズ（ポイント数）を取得
            var size = core.polygonSize( i );
            // ポイントと UV 情報保持のための変数を定義
            var vertices = [];
            var uvs = [];
            for (j = 0;j < size;j++) {
                // ポリゴンとコーナー（ポイント）のインデックスから、ポイント（バーテックス）のインデックスを取得し [vertexIndex] 、それを使用して位置情報 Vec3D を取得 [ vertex ]、その位置情報 Vec3D を保持
                vertices.push( core.vertex( core.vertexIndex( i, j ) ) );
                // ポリゴンとコーナー（ポイント）のインデックスから、UV 情報を取得し、その情報を保持
                uvs.push( core.uvCoord( i, j ) );
            }
            // 新規ポリゴンを作成 （ポイントを共有する（ポリゴンの表裏を接合する）場合は、第２引数を true にする）戻り値は追加したポリゴンのインデックス
            var pi = core.addPolygon( size, false, vertices);
            // 4.6 では、UV を個別にセット（エラーが出るため）##ここのインデックス指定が間違ってました i -> pi ##
            for (j = 0;j < size;j++) {
                core.setUVCoord( pi, j, uvs[j] );
            }
            // 5.0 の場合、バグが直っているので、addPolygon の第４引数で、 uvs を渡してやった方が簡単
            // var pi = core.addPolygon( size, false, vertices, uvs );
            // 追加したポリゴンの法線を逆にする
            core.flipWinding( pi );
            // ポリゴン選択セットを、ツールのプロパティで設定した値にセット（エラーが出るため int 型に変換）
            core.setActivePolygonSelection( parseInt(tool.getParameter('poly sel')) );
            // 選択状態にしておく
            core.setPolygonSelection( pi, true );
            // ポリゴン選択セットを、戻す
            core.setActivePolygonSelection( polyNum_bk );
        }
    }
    // 3D ビューをアップデート
    obj.update();
}

iPhone 関係、ちょこちょこ参考書は読んでるんだけど、なんせ手が遅いんだよね。 :-!